Adapun dalam pembentukan FKUB Kota Yogyakarta didahului dengan adanya musyawarah bersama pada tanggal 19 November 2007 di Balai Kota Yogyakarta yang dihadiri oleh perwakilan-perwakilan dari masing-masing pemuka agama, yaitu: dari umat Islam yang diwakili oleh Majelis Ulama Indonesia, dari umat Katolik yang diwakili oleh Konferensi Waligereja Indonesia, dari umat Kristen yang diwakili oleh Persekutuan Gereja-Gereja Indonesia, dari umat Hindu yang diwakili oleh Parisada Hindu Dharma Indonesia, dari umat Buddha yang diwakili oleh Wali Umat Buddha Indonesia dan dari kementrian agama yang diwakili oleh Kadepag Kota Yogyakarta (Bpk. H. Nuruddin, S.H., M.A.) dan Bapak Wakil Walikota Yogyakarta (Bpk. Drs. H. Haryadi Suyudi).